RNA測(cè)序（RNA-seq）即轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)，就是把mRNA,smallRNA,and NONcoding RNA等或者其中一些用高通量測(cè)序技術(shù)把它們的序列測(cè)出來(lái)。反映出它們的表達(dá)水平。RNA-Seq可進(jìn)行全基因組水平的基因表達(dá)差異研究，具有定量更準(zhǔn)確、可重復(fù)性更高、檢測(cè)范圍更廣、分析更可靠等特點(diǎn)。除了分析基因表達(dá)水平，RNA-Seq還能發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn)錄本、SNP和剪接變體，并提供等位基因特異的基因表達(dá)。
如果將某一個(gè)物種的基因組比喻成該物種的“生命的讀本（book of life）”，那么轉(zhuǎn)錄組就可比作“生命雜志（newsstand of life）”。RNA 測(cè)序技術(shù)：就是一霸道總裁把報(bào)刊亭里的所有雜志（RNA）全都買回去，然后把所有的雜志全都放進(jìn)碎紙機(jī)里，使其成為一大堆碎紙條，然后由一大幫手下來(lái)整理碎紙條（現(xiàn)實(shí)生活中的計(jì)算機(jī)程序開(kāi)發(fā)人員），將碎紙條還原成一本本的雜志。還有一群統(tǒng)計(jì)狂熱分子也跑來(lái)湊熱鬧，他們組織了一場(chǎng)比賽，看看哪些人整理碎紙條的效率最高，準(zhǔn)確率最高，能夠又快又好地還原出雜志的本來(lái)面目（轉(zhuǎn)錄組基因序列）。這個(gè)整理、拼接碎紙條的工作就是“轉(zhuǎn)錄子重建”工作，而轉(zhuǎn)錄子重建工作的重點(diǎn)內(nèi)容之一就是將RNA測(cè)序得到的片段信息與該RNA來(lái)源細(xì)胞的基因組對(duì)應(yīng)起來(lái)。