根據芯片設計和熱循環方式的不同，芯片PCR技術主要分為反應液靜止式和反應液流動式兩種。在靜止式芯片PCR中，各種反應都發生在有限的空間里，溫度周期性變化；而在流動式芯片PCR中，通過反應液連續流經三個不同的恒溫帶實現樣品的擴增。

反應液靜止式

反應液靜止式芯片PCR，又稱為時域PCR，實際上是傳統PCR的微型化。這種裝置中，反應混合物通常被固定在微反應室內，在外部或內部控制加熱器的溫度實現快速升溫或降溫，完成一輪PCR的三個溫度循環。

反應液流動式

反應液流動式芯片PCR，一般稱為連續流動式PCR，也稱為空域PCR。