微流控芯片的基本結構是比較簡單的，就是在幾十個平方厘米的基板上加工出微通道，然后將蓋片和基片鍵合到一起，以形成封閉的微流體通道。根據芯片上的通道個數，可以將其分為單通道和多通道兩類微流控芯片。

• 單通道的微流控芯片，一般有1個儲液池(包括1個緩沖溶液池、1個樣品池和1個樣品廢液池和1個廢液池)，以及連接各池之間的微溝道。電泳芯片分離微通道的網絡形狀主要有直線型、螺旋形、多邊形、彎曲形等，其中直線形結構簡單、分離效率高，適合于較長的分離通道。
• 多通道的微流控芯片也稱為集成毛細管電泳芯片。多通道的微流控芯片是指在1個芯片上制出多個微通道，這樣便可以在同一片芯片上同時并行處理不同或相同的樣品，從而提高了芯片通量，正逐漸成為微流控芯片的一種發展趨勢。Woolley等人制備出一種具有12個通道的電泳芯片，12個微通道及兩個用于光學校準的溝道分布在50mm×75mm的玻璃芯片上，可在160s內并行分析12種不同的樣品。