分離物的高靈敏度檢測對于微流控芯片有著重要意義。目前，微流控芯片的檢測方法大體上可以分為3類：光學檢測、電化學檢測、質譜學檢測。

紫外吸收檢測法

       紫外吸收檢測法是一種常規光學檢測法，相應的檢測器已經趨于成熟，但由于芯片的通道小、靈敏度不高，因此該方法已經不能夠滿足對低濃度和極微量樣品分析的要求。

電化學檢測法

       電化學檢測有三種基本模式：安培法、電導法和電位法。中安培法是應用最普遍的一種方法。其基本原理是：測量化合物在電極表面受到氧化或還原反應時，會失去或得到電子，產生與分析物濃度成正比的電極電流，通過測量微通道中的電流即可得到溶液濃度的變化情況。電化學檢測的靈敏度可以與熒光檢測的效果相媲美。　　

質譜檢測法

       質譜檢測的原理是根據分子質荷比的不同而達到檢測的目的。其最大優點是能夠提供分子空間結構信息，因此在生物大分子(如蛋白質)的結構研究方面具有獨到之處。